自然干制利用太陽光為熱源進行干燥，適用于竹蓀、銀耳、金針菇、猴頭、香菇等品種，是我國食用菌最古老的干制加工方法之一。加工時將菌體平鋪在向南傾斜的竹制曬簾上，相互不重疊，冬季需加大曬簾傾斜角度以增加陽光的照射。鮮菌攤曬時，宜輕翻輕動，以防破損，一般要2至3天才能曬干。這種方法適于小規模培育場的生產加工。有的菇農為了節省費用，曬至半干后，再進行人工烘烤，這需根據天氣狀況、光照強度、食用菌水分含量等恰當掌握，否則會使菇體扭曲、變形、變色。

人工干制用烘箱、烘籠、烘房，或用炭火熱風、電熱以及紅外線等熱源進行烘烤，使菌體脫水干燥。此法干制速度快，質量好，適用于大規模加工產品。目前人工干制設備按熱作用方式可分為：（1）熱氣對流式干燥，（2）熱輻射式干燥，（3）電磁感應式干燥。我國現在大量使用的有直線升溫式烘房、回火升溫式烘房以及熱風脫水烘干機、蒸汽脫水烘干機、紅外線脫水烘干機等設備。